应用化学学科的发展与化学实验教学中心的发展是密不可分的，2003年 “化学实验教学中心”被确定为校级实验教学中心，同年，“山东农业大学化学实验教学中心建设项目”被山东省教育厅确定投资立项。2006年又被教育厅和财政厅确定为“山东省高等学校骨干学科教学实验中心建设工程财政专项资金支持项目”，省财政投入400万元专项资金用于化学实验教学中心建设。2007年被省教育厅确定为“省级实验教学示范中心”。
2008年又获得中央与地方共建实验室建设经费资助。
    目前学院的“化学实验教学示范中心”为山东省省级实验教学示范中心，“应用化学”为山东省“十二五”重点学科，“农业生物分析化学”实验室为山东省“十二五”高校重点实验室，还建设了山东省食品质量安全检测工程技术研究中心。多个省级教学和科研平台的建设，为应用化学实验教学奠定了雄厚的基础。化学实验教学中心目前拥有使用面积为5000 m2的实验室，仪器设备总值2160万元，实验中心的迅速发展保证了基础化学教学质量和水平的提高。