应用化学学科经过前期发展，特别是经过“十一五”期间的学校重点发展，完成了“打基础”、“保质量”两大任务。“十二五”期间，是学科提高水平、突出特色、产出成果的关键发展时期。学科发展的总体目标是：加强本学科与农业科学和生命科学的结合，突出学科发展特色，培养和引进高水平的学科带头人，不断改善学科的仪器设备条件，抓好“应用化学”硕士点的建设，努力提高学科水平，为“十二五”末申报博士点打下牢固基础，同时力争多出成果、出高档次成果，出应用性强成果，为山东省农业和经济发展贡献一份力量。具体措施和奋斗目标如下：

1、在团队队伍建设方面，采取外部引进和内部培养相结合的办法，重点引进学术水平高，在国内外有一定影响的学科带头人，进一步提高教师的学术水平。到2015年，力争专任教师数达到60人，具有高级专业技术职务的教学科研人员数达到30人，占整个教师数的50%以上，其中，知名专家2名，博士 30名左右。

2、在学术建设方面，面向山东农业和经济建设主战场，以开展应用研究和应用基础研究为重点，兼顾基础研究。“十二五”期间，加强学科之间的交叉，加强与农业结合，加强校企合作，加强研究成果的转化，积极争取科研项目和科研经费。到2015年，争取在省级以上研究成果方面有所突破，获国家级课题 10项以上；纵、横向科研经费300万元，发表影响因子3.0以上的研究论文10篇，获得省级优秀硕士学位论文2－4篇，向企业转化科研成果5－10项。

3、在平台建设方面，千方百计筹措建设资金，学校每年投入教学实验设备费100-200万元，连续5年累计600万元，到2010年，学科教学实验设备总值达到2400万元，使本学科具备培养博士研究生的教学实验设备条件，力争把本学科建成山东省重要的科研基地和人才培养基地。
4、在质量建设方面，发挥学院专业和人才的优势，积极挖掘内部潜力，保证本学科每年研究生招生人数有适当比例的增长，到2015年，实现研究生在校生100人；努力提升学科层次，将应用化学与农业科学和生命科学相关领域（如食品科学、、环境科学、动物医学、林业科学、植物保护学、生物化学等）相结合，加强特色实验室的建设，使功能材料与农业应用、生物活性物质合成与应用，化学生物学等研究领域达到国际研究的先进水平并形成自己的特色，集中精力抓好应用化学学位点的建设，使应用化学的整体水平到2015达到符合博士学位授予学科的基本条件。

5、在制度建设方面，探索和建立健全适应重点学科发展的管理体制和运行机制，建立有利于凝聚学术队伍的人才引进、培养、使用机制；建立有利于整合资源、优化组合、突出特色的学科组织制度；建立有利于科技创新的科研管理体制；建立有利于提高人才培养质量的人才培养机制；建立有利于学术发展的科学评价体制。

6、在人才培养方面，对于本科生，深化教学改革，全面推进素质教育，积极探索农业院校应用化学专业本科人才培养模式的理论与实践，按照通才教育+精英教育”的人才培养模式，构建“通识课+专业课+模块课”的理论课程教学体系，建立以专业基础实验、实验课程设计、中级化学实验为基本实践环节，课程教学实习、专业方向实习、毕业综合实习和创新研究项目为综合实践环节的立体化实践教学体系，努力培养“下得去、留得住，用得上”的应用型、复合型的人才。对于研究生，建立应用化学与农业科学和生命科学相结合的特色鲜明的研究生人才培养模式和课程体系，实行工农结合，资源共享，努力创建研究生精品课程，根据社会需求，不断拓宽专业方向，培养受适用于山东经济发展的高素质创新型人才。